Mi tipo de sacerdote se relaciona con mi vocación intelectual. Este trabajo ha sido para mí fuente de espiritualidad, pues requiere contemplación, disciplina, y fidelidad desprejuiciada a la realidad. El trabajo de escritorio puede ser también una praxis en favor de los pobres, contribuyendo a su proyecto. Como “intelectual orgánico”, pude escribir varios libros, simultaneando su redacción con diversas actividades pastorales y he dado clases en diversos seminarios y universidades.
- La contracultura como protesta, Ed. Joaquín Mortiz, México, 1975.
- Lenguaje, ideología y clases sociales. Las vecindades en puebla, UAP, Puebla, 1983.
- La Cruz Mesiánica: Una aproximación al sincretismo católico indígena, Ed. Palabra / IISUABJO, México D.F., 1986. Segunda ed., 1999.
- La Iglesia y el poder: Ed. Dabar, México, D.F., 1992.
- ¿Persecución Religiosa en Oaxaca?, Instituto Oaxaqueño de las Culturas, Oaxaca, 1994.
- Dios en el amanecer del nuevo milenio, Ed. Dabar, México, 1999.
- Al servicio de la Palabra, Ed. Dabar, México, 2003.
- Otro mundo es posible, Ediciones Claretianas, Madrid, 2006.
- El conflicto religioso en Oaxaca. 1976 – 1992, UNAM/CEIICH /IISUABJO, México, 2007.
- Entre pasillos y escaparates_El Mall signo de nuestro tiempo, IMDOSOC / BUAP /Misioneros Claretianos, México D.F., 2010.
- Además, algunos capítulos en obras de colaboración.
Web de Enrique Marroquín 
Me da mucho gusto encontrar esta página y saber que Enrique Marroquín sigue muy activo, compartiendo su amor para los que no pueden defenderse.
Su libro La contracultura como protesta fue muy importante para mí cuando tenía 17 años en 1978.
Javier Aviña